未知の惑星に墜落してしまった「キャプテン・オリマー」。オリマーからの救難信号を受け、救助に向かった「レスキュー隊」もまた遭難してしまいます。最後の希望は、本部に待機していた新米レスキュー隊員の「あなた」だけ。「あなた」が降り立ったのは、危険な原生生物が多く生息する謎の惑星。そこで出会ったふしぎな生き物「ピクミン」の力を借りて探索していきます。

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